בית המשפט העליון דחה (ה', 3.6.10) את כל העתירות שהוגשו ביחס למשט הבינלאומי לרצועת עזה על-ידי פעילים פלשתינים, על-ידי רשת הטלוויזיה אל ג'זירה ועל-ידי פעיל ימין מהתנחלות תפוח, ארגון שורת הדין וארגון נפגעי הטרור אלמגור.

נשיאת בית המשפט העליון, דורית ביניש, השופטת מרים נאור והשופט עוזי פוגלמן קבעו ביחס לעתירת העותרים הציבוריים שייחסו למדינה מעשים חמורים ובלתי חוקיים כי למרות שלא ידעו דבר על המתרחש, מיהרו העותרים ללא היסוס להטיל דופי חמור ביותר בפעילות כוחות צה"ל, תוך שימוש בלשון חריפה ובוטה שלא היה לה מקום. מכיוון שהסעד שהתבקש מבית המשפט היה שחרור העצורים - פעולה שבוצעה ממילא על-ידי ממשלת ישראל בעקבות הלחץ הבינלאומי - קבע בית המשפט כי העתירה התייתרה.

טיעון זה של התייתרות העתירה נוגע גם לעתירת רשת הטלוויזיה אל ג'זירה שביקשה לשחרר את העיתונאים שהשתתפו במשט.

בנוגע לעתירות מטעם יקותיאל בן יעקב, ארגון "שורת הדין" וארגון נפגעי הטרור "אלמגור": בית המשפט העליון נתבקש למנוע שחרורם של משתתפי המשט הזרים שכן אלה דרושים לחקירת פרטי האירוע ולהחלטה בדבר העמדה לדין.

לאחר קיום הדיון בדחיפות קבע הרכב השופטים של בית המשפט העליון כי ההחלטה על שחרורם של העצורים היא החלטה המצויה בתחום שיקול דעתו של היועץ המשפטי לממשלה, וכי רק במקרים חריגים ויוצאי דופן יש מקום להתערבותה של הערכאה השיפוטית. במקרה הנוכחי, שוכנע בית המשפט אין עילה להתערבות בהחלטת היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין.

"עקב אופיו המיוחד של האירוע והנסיבות הכרוכות בו, שיש לו, מלבד ההיבטים הפליליים, גם היבטים מדיניים הנוגעים ליחסי החוץ של המדינה, רשאי היה היועץ המשפטי לממשלה להביא בגדר שיקוליו היבטים אלה. ההתפתחויות שחלו בזירה הבינלאומית בפרשה זו מצביעות על רגישות מדינית מיוחדת הקיימת בכל הנוגע לטיפול של גורמי האכיפה במשתתפי המשט. היועץ המשפטי לממשלה ציין כי נועץ בכל הגורמים הממשלתיים הקשורים להיבטים מדיניים אלה, ולאחר שהביא בחשבון את העובדה כי נהרגו תשעה ממשתתפי המשט ונפצעו כמה עשרות, הגיע למסקנה כי האינטרסים הציבוריים, המדיניים והביטחוניים גוברים על האינטרסים של האכיפה הפלילית. לא מצאנו בהחלטה זו, אשר נומקה כאמור, ובשיקולים שעמדו ביסודה, עילה להתערבותנו", לשון פסק הדין.