נשיא המדינה שמעון פרס פרסם בצאת השבת הודעת גינוי חריפה להצתת המסגד בכפר יאסוף. בהודעה שפרסם כתב הנשיא: "אירוע ההצתה הוא חמור ביותר, ועומד בניגוד לערכים של מדינת ישראל ולמחויבותה לכבד את כל הדתות והמאמינים".
הנשיא פרס, שלא פרסם בעבר הודעות גינוי דומות במקרי הצתה ופגיעה בבתי כנסת, הוסיף כי על הממשלה, על כוחות הביטחון ועל מוסדות אכיפת החוק לנקוט בכל האמצעים ובדחיפות העליונה, כדי למצוא את האשמים ולהעמידם לדין על-פי חומרת המעשים. "לא ייתכן", אמר פרס, "שקבוצה קיצונית תסכן את מעמדה של ישראל כמדינה שומרת חוק ומכבדת את קדושת כל הדתות".