אל-על טוענת כי הנזקים אשר נגרמים וייגרמו לחברה עקב הצעדים הארגוניים והעיצומים בהם נוקטים המהנדסים בחברה מזה שלושה שבועות עלולים להיות חריגים בהיקפם ובהשלכותיהם, קל וחומר לאור העובדה שהחברה ממילא מצויה במשבר כלכלי.
לדברי אל-על, נוכח הצעדים הארגוניים הללו היא עלולה שלא לעמוד בתוכנית המסחרית וביעדיה המבצעיים והכלכליים, ותאלץ לנקוט בשורה של פעולות העלולות להסב לה נזק כלכלי משמעותי.
נכון להיום, נאמר בפניית אל-על לבית הדין האזורי לעבודה בתל אביב, הנזקים הישירים שנגרמו וצפויים להיגרם לחברה עקב הפעלת הצעדים הארגוניים הם כדלקמן: עיכוב פרויקט מטוס ראש הממשלה האמור להסתיים עד תחילת חודש דצמבר - אי-עמידה ביעד והבאת המטוס לכשירות במועד הקבוע לכך, יגרמו לכך שראש הממשלה לא יוטס במטוס אל-על והמשמעות היא הפסד של מיליוני דולרים בטיסות טרנס-אטלנטיות.
בנוסף, עיכוב פרויקט השטחת מושבים (נועד לאפשר לישון בנוחות במחלקות הראשונות ובמחלקות עסקים במטוסים) אשר התכנון שלו אמור להסתיים עד חודש ינואר 2014, ועיכוב בפרויקט SH (נועד לצופף מושבים במטוסים תחילה כפיילוט בחמישה מטוסים) האמור להסתיים בסוף מרס 2014, שכן עונת הקיץ מתחילה בחודש אפריל 2012 - אי-עמידה ביעדים הללו תפגע ביכולת החברה להתמודד עם התחרות היום, תחמיר בעקבות הסכם "
שמיים פתוחים" ותגרום לאל-על הפסדים כבדים.
נזק נוסף מתבטא באי-מתן מענה טלפוני על-ידי המהנדסים מחוץ לשעות העבודה ובסופי שבוע - לעיתים נדרשת תמיכה הנדסית מחוץ לשעות העבודה ובסופי שבוע. לדברי אל-על, אי-מתן מענה מצד המהנדסים עלול לגרום לפגיעה בלוח הטיסות ואף להשבתת מטוס.
שביתה שלא כדין ובלתי מוגנת אל-על מציינת כי לפני שלושה חודשים נמסרה לה הודעת הסתדרות המהנדסים על שביתה בסקטור המהנדסים בחברה בשל אי-חתימתו של הסכם שכר ייחודי לציבור המהנדסים. לפני שלושה שבועות הודיע ארמנד שור, נציג סקטור המהנדסים בנציגות העובדים (בשבוע שעבר הורה בית הדין על הקפאת הליך פיטוריו), על נקיטה בצעדים ארגוניים שעיקרם אי-ביצוע מטלות על-ידי המהנדסים, בין היתר בכל הנוגע להכנת מטוס ראש הממשלה והשטחת מושבים.
בנוסף הודיע שור כי בכוונתו להנחות את המהנדסים המתקנים תקלות במטוסים שלא לבצע תיקונים לאחר השעה 16:30, ולהנחות את המהנדסים המועסקים במרכז האספקות שלא לענות לשיחות טלפון לאחר השעה 16:30.
לטענת אל-על, להסתדרות המהנדסים ידוע היטב כי אל-על אינה מחויבת לנהל עמה משא-ומתן מכוח הסדר האוטונומיה שהינו הסכם פנימי בין אורגנים שונים של ההסתדרות, וכי הכתובת היחידה לניהול משא-ומתן קיבוצי הינה איגוד עובדי התחבורה.
אל-על טוענת כי העיצומים הננקטים הינם שביתה שלא כדין, שביתה בלתי מוגנת על-פי חוק יישוב סכסוכי עבודה, ושביתה שלא ניתנה עליה הודעה כחוק והמנוגדת להתחייבות לשקט תעשייתי הקבוע בהסכמים הקיבוציים.
אשר על כן, מבקשת אל-על מבית הדין להצהיר כי עיצומיהם של המהנדסים מהווים שביתה שלא כדין ומהווים הפרה של ההסכמים הקיבוציים החלים על עובדים. עוד מתבקש בית הדין להצהיר כי ההודעה על סכסוך העבודה ועל השביתה ניתנה שלא כדין ולפיכך היא בטלה, ולהורות להסתדרות המהנדסים לגרום לקיום שקט תעשייתי מוחלט ועבודה מלאה ותקינה.
אירוע חריג ופסול מתרחש באולם בכיכובה של נציגת השב"ס
